電子帳簿保存法と請求書の保存方法｜2024年完全施行ルール完全ガイド
【重要】 電子帳簿保存法は2022年・2024年と段階的に施行され、要件が複雑化しています。本記事は2026年現在の法令に基づく一般的なポイントですが、個別の保存方法・システム選定については、必ず税理士または国税庁の最新ガイダンスをご確認ください。
電子帳簿保存法とは｜なぜ今この法律が話題なのか
電子帳簿保存法（正式名称：電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律）は、1998年に制定された法律です。当初は「電子保存を認めるための法律」で、紙保存からの移行を希望する事業者向けの任意制度でした。
しかし2022年1月の改正で大きな転換が起き、電子取引データの電子保存が義務化されました。2年間の宥恕期間を経て、2024年1月1日から本格運用が始まっています。
つまり「PDFで送られてきた請求書を印刷して紙で保存」という長年の習慣が、法律上認められなくなったということです。これが、今この法律が中小企業バックオフィスで最も話題になっている理由です。
3つの保存区分｜義務化されているのはどれか
電子帳簿保存法は「保存方法のルール」を3つの区分に分けて定めています。
①電子帳簿等保存（任意）
会計ソフトで作成した帳簿（仕訳帳・総勘定元帳等）や決算書類を、電子データのまま保存できる区分です。要件を満たすと、紙への印刷・製本が不要になります。
- 対象: 自社で作成した会計帳簿・国税関係書類
- 義務化: 任意（事業者の選択）
- 要件: 訂正削除履歴の保持、相互関連性、システム概要書の備付け等
②スキャナ保存（任意）
紙で受け取った請求書・領収書・契約書等を、スキャナ（複合機・スマホカメラ含む）で電子化して保存できる区分です。原本の紙書類を破棄できるようになります。
- 対象: 紙で受領した請求書・領収書等
- 義務化: 任意（事業者の選択）
- 要件: タイムスタンプ付与（または訂正削除履歴）、解像度（200dpi以上）、カラー画像（赤・緑・青256階調以上）、検索機能等
③電子取引データ保存（義務）
メール添付・クラウドダウンロード・EDI等で電子的に受け取った請求書・領収書等のデータを、電子データのまま保存することが義務化されています。
- 対象: 電子的に授受した請求書・領収書・契約書等
- 義務化: 2024年1月から義務（猶予措置あり）
- 要件: 真実性の要件（4つから選択）+ 可視性の要件
実務でほぼ全ての事業者が影響を受けるのは③です。本記事の後半は主に③に焦点を当てて解説します。
電子取引データ保存｜真実性の要件4選
「真実性の要件」とは「データが改ざんされていないことを担保する」要件で、以下4つからいずれか1つを選択します。
| 選択肢 | 内容 | コスト感 |
|---|---|---|
| ①タイムスタンプ付与 | 受領後速やかに（おおむね7営業日以内）タイムスタンプを付与 | 中（サービス契約必要） |
| ②訂正削除履歴が残るシステム | データ訂正・削除の履歴がシステムに記録される | 中（クラウド会計等） |
| ③訂正削除不可システム | データの改変自体ができない設計のシステム | 中（一部クラウド等） |
| ④事務処理規程の備付け | 自社で「訂正削除の管理規程」を策定し備え付ける | 低（規程作成のみ） |
中小事業者にとって最もコストが低いのは④の事務処理規程です。国税庁が事務処理規程のサンプルを公開しており、これを自社用にカスタマイズすればOKです。
電子取引データ保存｜可視性の要件
「可視性の要件」は3つあり、すべて満たす必要があります。
1. 検索機能の確保
保存されたデータについて、以下3項目で検索可能であること:
- 取引年月日
- 取引金額
- 取引先
加えて、範囲指定検索（例: 2026年4月1日〜4月30日の取引）と複数項目の組み合わせ検索（例: A社の10万円超の取引）ができることも要件です。
2. 見読可能装置の備付け
保存データを画面に表示し、印刷できる機器（PC・モニター・プリンタ）を備え付けていること。
3. システム概要書の備付け
利用する保存システムについて、操作マニュアル等を備え付けていること。
中小事業者の検索要件の緩和
次のいずれかに当てはまる事業者は、検索機能の確保（前述の3項目検索・範囲指定検索・組み合わせ検索）がすべて免除されます。
- ・基準期間（2課税年度前）の売上高が5,000万円以下で、税務調査の際にデータのダウンロードの求めに応じられるようにしている場合
- ・売上規模を問わず、電子取引データを出力した書面を取引年月日・取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている場合
なお、この売上基準は令和5年度税制改正により、従来の「1,000万円以下」から「5,000万円以下」へ拡大されました（2024年1月以降適用）。
2024年1月以降の「新たな猶予措置」
宥恕措置（2023年12月で終了）の後継として、新たな猶予措置が設けられています。
以下の両方を満たす場合は、電子データを保存しつつ、税務調査時に書面で提示することも許容されます:
- 相当の理由があり、要件を満たした電子保存ができないこと
- 税務調査時に、ダウンロードの求めおよび書面の提示・提出の求めに応じられること
「相当の理由」には、システム整備の遅れ・人手不足・予算不足など、実情に応じた柔軟な解釈が国税庁から示されています。
ただし、この猶予は期限の定めなく続くものの、恒久的な免除ではなく、計画的にシステム対応を進めることが推奨されています。
実務｜中小事業者が今すぐやるべき3ステップ
ステップ1: 自社の電子取引を洗い出す
- メール添付で受け取る請求書・領収書のPDF
- ECサイト（Amazon、楽天等）からダウンロードする領収書
- クラウドサインなどの電子契約サービスで締結した契約書
- カード会社のWeb明細、ネットバンキングの取引明細
- EDI（電子データ交換）で受け取る発注書・納品書
ステップ2: 保存方法を決める
最もコスト低いのは「事務処理規程の策定 + 検索可能なファイル命名規則 + 既存クラウドストレージへの保存」の組み合わせです。
- 国税庁のサンプルから事務処理規程を作成
- ファイル命名規則を「20260512_株式会社A_110000.pdf」のように「日付_取引先_金額」で統一
- Google Drive / Dropbox / OneDrive 等の既存クラウドストレージに保存
ステップ3: 業務フローを整備する
- 受領した電子データをルールに従って速やかに命名・保存
- 月次でフォルダ整理（年度別→月別→取引区分別の階層）
- 担当者・代理担当者を明確化
クラウド会計ソフトを使う場合の選択肢
事務処理規程と手動運用で十分対応可能ですが、規模拡大に応じてシステム導入も選択肢となります。主要なクラウド会計ソフトは電子帳簿保存法の3区分すべてに対応しています。
違反時のペナルティと実務上のリスク
電子帳簿保存法に違反した場合、以下のリスクがあります。
| ペナルティ | 内容 |
|---|---|
| 青色申告の取消 | 帳簿書類の備付け不備として承認が取り消される可能性 |
| 重加算税の加重 | 隠ぺい・仮装と判断された場合、通常の重加算税に10%加重 |
| 推計課税 | 帳簿不備として、税務署が独自に所得を推計して課税 |
現時点の実務では即座に取消となるケースは限定的ですが、改善要請を無視し続けると最終的にペナルティが適用されるため、計画的な対応が必要です。
専門家に相談したい場合
「自社の取引が要件を満たしているか不安」「電帳法対応のために税理士を見直したい」という場合は、専門家への相談が近道です。
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電子帳簿保存法・請求書保存に関するFAQ
Q. 電子取引データはいつまで保存する必要がありますか？
法人の場合は原則7年間（欠損金がある場合は10年間）、個人事業主は原則5年間（所得金額等により7年間）の保存が義務付けられています。
Q. 電子メールの本文に取引情報がある場合は？
メール本文自体が請求書や領収書の役割を果たす場合、そのメール自体（またはPDF化したもの）が保存対象となります。
Q. クラウドストレージの無料版でも要件を満たせますか？
はい、可能です。ただし、検索要件を満たすためのファイル命名ルールの徹底や、事務処理規程の備付けを忘れずに行う必要があります。
保存対象となる証憑には請求書だけでなく見積書も含まれます。見積書の記載項目や正しい作成方法は見積書の作り方 完全ガイドで解説しています。
まとめ｜適切なタイミングで、適切な対応を
電子帳簿保存法は、2024年1月の完全施行以降、すべての事業者が向き合うべき実務テーマになりました。
ポイントは、義務化されているのは「電子取引データ保存」のみであること、そして中小事業者は「事務処理規程」の策定で低コストに対応可能であることです。
慌てて高価なシステムを導入する前に、まずは国税庁のサンプルから自社運用を整えることが現実的なスタートです。
※本記事の内容は一般的な情報提供を目的としており、特定の事案における法的有効性を保証するものではありません。個別の税務判断については、必ず税理士にご相談ください。